Troms og Finnmark fylkeskommune støtter museene i fylket med årlige driftstilskudd. Tilskuddene økes årlig i takt med lønns- og prisstigningen. I tillegg bidrar fylkeskommunen med faglig støtte og rådgiving.
Utvikling av Midt-Troms museum, Barnemuseet og utstillingen Midt-Troms i miniatyr har vært støttet av Troms fylkeskommune siden 2014 og er knyttet til daværende Lenvik kommunes satsing på barnebyen Finnsnes .