Samarbeidet med Sametinget er viktig og naturlig for hele regionen, og både Troms og Finnmark har lange tradisjoner for samarbeid med Sametinget til styrking av samisk språk, kultur og samfunnsliv. Samarbeidet går på en rekke politikkområder, som språk, kultur, opplæring og næring.
Inntil videre gjelder to samarbeidsavtaler med Sametinget.
Det vil arbeides med en ny, felles samarbeidsavtale mellom Troms og Finnmark fylkeskommune og Sametinget i 2020.